artikel afdrukken
bionieuws 14, 13-09-2014

brieven
Microbioomwetenschap vraagt om scepsis

Door William Hanage, epidemioloog, Harvard School of Public Health
(Verenigde Staten)

© bionieuws


De afgelopen 5 jaar hebben studies microbiële kolonisten in de mens in verband gebracht met autisme, kanker en diabetes. De hype rond microbioomwetenschap vereist echter scepsis. Er zijn vijf vragen die iedereen zich bij het uitvoeren of evalueren van zulk onderzoek zou moeten stellen.

Kunnen experimenten verschillen detecteren die ertoe doen?
Veel onderzoek is gedaan op basis van analyse van 16S r-rna. Maar deze analyse geeft slechts een grove sortering. Zo zijn met obesitas geassocieerde microbiomen onderscheiden met verschillende verhoudingen aan bacteriestammen. Als dit criterium wordt gebruikt om dierengemeenschappen te karakteriseren, zou een voličre van 100 vogels en 25 slakken als identiek aan een aquarium met 8 vissen en 2 inktvissen worden beschouwd. Beide hebben immers vier keer zoveel gewervelde dieren als weekdieren. Moderne technologie maakt nu fijnere onderscheidingen mogelijk: we kunnen meer genen in een monster bestuderen, wat ons in staat kan stellen om metabole netwerken te ontcijferen.

Toont de studie causaliteit aan, of gewoon correlatie?
Een artikel uit 2012 vergeleek de darmmicrobiomen van bejaarden in verzorgingshuizen met die van bejaarden daarbuiten en toonde een duidelijke correlatie tussen microbiomen en mate van kwetsbaarheid. Rekening houdend met een aantal potentieel verstorende factoren suggereerden de auteurs een oorzakelijk verband: het dieet beďnvloedt het microbioom, dat op zijn beurt de gezondheid beďnvloedt. Maar de omgekeerde causaliteit – de kans op een slechte gezondheid van de darm beďnvloedt het microbioom – werd niet onderzocht.

Wat is het mechanisme?
Alle wetenschappers hebben geleerd dat correlatie niet causaliteit is, maar correlatie impliceert bijna altijd een soort van causaal verband. We weten alleen niet wat het is. We moeten het bepalen met zorgvuldige experimenten. In de afgelopen 3 of 4 jaar zijn studies gevorderd van karakterisering van een brede gemeenschap van voornamelijk cultiveerbare microben tot identificatie van functionele elementen, individuele taxa of bijzondere eigenschappen. We kunnen nu experimenten ontwerpen om precieze acties van onderdelen van het microbioom te bepalen. Een terugkeer naar een reductionistische benadering is essentieel als we willen aanwijzen of het microbioom de gezondheid van de mens beďnvloedt, en hoe het dat precies doet.

In hoeverre weerspiegelen experimenten de werkelijkheid?
Veel studies toonden een verband tussen het darmmicrobioom en obesitas. Om te beoordelen of dit verband oorzaak was of gevolg, verzamelden onderzoekers darmmicrobioommonsters uit menselijke tweelingen (de een zwaarlijvig, de ander niet) en introduceerden microbiota in muizen. Muizen die eerder waren gekoloniseerd met een obees microbioom verloren gewicht wanneer ze slank microbioom kregen, maar alleen als ook werden gevoed met een normaal of vetarm dieet. Dieet alleen had weinig effect. Elegant onderzoek, dat echter ook de grenzen van microbioom aantoont.

Kan iets anders de resultaten verklaren?
Er zijn goede redenen om te denken dat bacteriën ons op veel manieren beďnvloeden. Er zijn vele andere – misschien belangrijker – invloeden. Als een studie een microbioom koppelt aan een ziekte, moeten verstandige critici zich afvragen of andere bijdragen aan de ziekte zijn beschouwd, vergeleken en gerapporteerd.
In pre-wetenschappelijke tijden werden onbegrepen gebeurtenissen geweten aan geesten. Laten we de drang weerstaan onze microbiële passagiers om te vormen tot hedendaagse fantomen.

Dit is een ingekorte vertaling van een commentaar uit Nature van 21 augustus 2014. Auteur en uitgever stemmen in met publicatie.